Пояснення: як працює тест на коронавірус (COVID-19). - Червень 2022
Як ПЛР-тест виявляє вірус у зразках мазків? Скільки часу це займає? Скільки зразків щодня перевіряє Індія, і чи можна перевірити більше? Якщо це можливо, то чому його ще не розширили?
Зараз Індія проводить двоетапну ПЛР у реальному часі для тестування на SARS-COV-2. (Reuters) Який діагностичний тест на новий коронавірус, що викликає COVID-19?
TheІндійська рада медичних досліджень (ICMR) повідомила про призначення лабораторійбуде використовувати звичайний тест полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) у реальному часі, який проводиться на мазку, взятому із задньої частини горла, рідкому зразку з нижніх дихальних шляхів або простому зразку слини. Такі тести зазвичай використовуються для виявлення вірусів грипу A, грипу B та H1N1.
Що таке ПЛР-тест?
Він використовує техніку, яка створює копії сегмента ДНК. «Полімераза» відноситься до ферментів, які створюють копії ДНК. «Ланцюгова реакція» — це те, як фрагменти ДНК копіюються експоненціально — один копіюється на два, два — на чотири тощо. Кері Малліс, американський біохімік, який винайшов метод ПЛР, був удостоєний Нобелівської премії з хімії в 1993 році.
Однак SARS-COV-2 є вірусом, виготовленим з РНК, який потрібно перетворити в ДНК. Для цього техніка включає процес, який називається зворотною транскрипцією. Фермент «зворотна транскриптаза» перетворює РНК в ДНК. Потім робляться і ампліфіковані копії ДНК. Флуоресцентний ДНК-зв’язуючий барвник, який називається зондом, показує наявність вірусу. Тест також відрізняє SARS-COV-2 від інших вірусів.
Скільки часу займає процес ПЛР?
ПЛР у режимі реального часу скоротить час тестування зразків до 4,5 годин з приблизно 6 годин раніше, сказав науковець ICMR д-р Р. Р. Гангахедкар. Однак загальний час виконання — від моменту збору зразків до моменту доставки звіту — становить близько 24 годин, і він повинен бути менше, сказав він.
Пояснено:П’ять кроків до виявлення коронавірусу
Як проходить тестування в Індії?
В даний час Індія проводить двоетапну ПЛР у реальному часі для тесту на SARS-COV-2, сказав старший професор NIMHANS і керівник нейровірусології, доктор В. Раві. Перший етап призначений для виявлення генетичних елементів, загальних для коронавірусів людини, які можуть існувати у зразку. Другий етап призначений для перевірки специфічних генів, присутніх лише у вірусі SARS-COV-2.
До початку березня впервинний скринінгТест на наявність будь-якого типу коронавірусу проводили всі лабораторії, але підтверджувальну ПЛР проводив лише Національний інститут вірусології в Пуні. Потім NIV Pune передав технологію (реагенти, необхідні для підтвердження) у всі лабораторії, щоб не було потреби в зразку, який би доставив до Пуни. Це скоротило час, необхідний для перевірки зразків, сказав доктор Раві.
Тестування на коронавірус: на цій ілюстрації, зробленій 17 березня 2020 року, у пробірках з етикеткою коронавірусу (COVID-19) видно підроблену кров. (Ілюстрація Reuters: Dado RuvicO Чи Індія перевіряє достатньо цифр?
Індія має можливість тестувати 10 000 зразків щодня, і зараз тестується близько 600-700. Для порівняння, Південна Корея, яка має подібний час виконання, повідомляється, що тестує до 20 000 зразків на день, особливо використовуючи такі моделі, як її об’єкти для проходження тестів.
Уряд стверджує, що на цьому етапі не потрібно перевіряти кожну людину. Країна тестує когорту, яку їй зараз потрібно перевірити, сказав д-р Гангахедкар. Якщо ви використовуєте локалізовану передачу, ми перевіряємо достатньо. Якщо ви вважаєте, що існує передача через громаду, це інша проблема. Досі немає доказів, коли ми не знаємо, як індексний випадок отримав цю інфекцію, сказав він.
Express Explained тепер у Telegram. Натиснітьтут, щоб приєднатися до нашого каналу (@ieexplained)і будьте в курсі останніх новин
Ми не хочемо проводити невибіркове тестування, тому що тепер усі просять пройти тест. Отже, десь нам доведеться це раціоналізувати… але також важливо стежити, щоб ми не пропустили передачу громадськості, сказала науковець ICMR доктор Ніведіта Гупта під час прес-брифінгу минулого тижня.
Якою буде стратегія, якщо відбудеться передача спільноти?
ICMR проводить нагляд за будь-якими ознаками передачі інфекції в громаді, при цьому кожна з 52 тестових лабораторій Індії перевіряє 20 випадкових зразків пацієнтів з тяжкою гострою респіраторною інфекцією (SARI). Очікується, що «перший зріз» цих тестів буде опублікований у середу. ICMR зазначила, що у випадку, якщо за допомогою цих тестів нагляду буде виявлено випадок передачі вірусу від громади, стратегії уряду будуть зовсім іншими.
Пандемія коронавірусу: у лікарні в Нью-Делі. (Фото/файл PTI) Чи існують перешкоди для розширення масштабів тестування?
Вартість – потенційний бар’єр, вважають деякі експерти. Представники ICMR повідомили на конференції, що вартість первинного тесту на COVID-19 становить 1500 рупій. Якщо для підтвердження результатів першого тесту потрібно провести другий тест, загальна вартість становить близько 5000 рупій. Один із чиновників також сказав, що використовувані зонди, які імпортуються з Німеччини, є обмежуючим фактором.
У той час як кількість центрів тестування було збільшено, імпорт зондів також зріс. Минулого тижня Індія хотіла імпортувати близько 200 000 зондів, тоді як у понеділок доктор Гангахедкар заявив, що уряд планує імпортувати близько мільйона.
Пандемія коронавірусу: коли і кого тестувати
Чи може Індія вчинити інакше?
За словами виконавчого директора Індійського інституту науки і технологій Translational Health Science and Technology Institute, доктора Гагандіпа Канга, те, що почала робити Індія, це саме те, що було рекомендовано для країни, куди була імпортована хвороба. Однак тестування та спостереження за тими, хто приїжджає в країну, а також нагляд за тими, з ким вони контактували, є раціональним і відповідним підходом, якщо єдиний ризик був завезенням хвороби, а спостереження та тестування становили 100 %, вона сказала.
Але те, що може статися, так це те, що з цією інфекцією ви можете линяти ще до того, як у вас з’являться симптоми, і в дуже небагатьох у вас ніколи не буде симптомів, тож ви можете передавати її іншим людям, не знаючи, що ви інфіковані, сказала вона. Така складність… змушує подумати про резервну стратегію, щоб побачити, чи дійсно ви щось пропустили, сказала вона. Є ще те, що ми могли б зробити.
Чи допоможе спостереження ICMR?
Рішення ICMR є хорошим кроком, але є регіони, які такі вправи будуть опущені, сказав д-р Кан. Якщо ви щотижня тестуєте зразки з кожної лабораторії грипу, то якщо ви знайдете хоча б один позитивний результат, це буде говорити про те, що ви багато чого пропустили, сказала вона.
За словами доктора Канга, можна використовувати математичне моделювання, щоб зрозуміти, що дасть уряду розумні шанси визначити, чи вже існує передача інформації від громади. Я вважаю, що було б чудово мати модель такого типу, як у Сінгапурі, де будь-якому лікарю, у якого була клінічна підозра, навіть якщо вона не відповідала опису, було дозволено відправити свого пацієнта на тест, додала вона.
– Вклади шерифа Каунана М