Пояснення: п’ять кроків для виявлення коронавірусу (COVID-19)

Цей процес пояснив The Indian Express доктор В. Раві, старший професор і керівник відділу нейровірусології NIMHANS.

На цій ілюстрації, зробленій 17 березня 2020 року, у пробірках із позначкою коронавірусу (COVID-19) видно підроблену кров. (Reuters)

Доктор В. Раві, старший професор і завідувач кафедри нейровірусології NIMHANS, пояснює процес виявлення коронавірусу для цей веб-сайт . Ось п’ять кроків:

Збір і транспортування

Центр тестування бере мазки з носових порожнин і задньої частини горла (глотки) і поміщає зразки в середовище для транспортування вірусів, яке містить збалансовані солі та альбумін, щоб запобігти розпаду вірусу. Потім зразок транспортують у холодильну камеру до випробувальної лабораторії.

Вилучення вірусної РНК

Коронавіруси, такі як SARS-CoV (який з’явився в Китаї в 2002-2003 роках), MERS-CoV (який з’явився в Саудівській Аравії в 2012 році) або нинішній SARS-CoV-2, який спричинив пандемію COVID-19, мають великі , геноми одноланцюгової РНК. Випробувальна лабораторія витягує РНК із зразків за допомогою комерційно доступних наборів (наприклад, таких компаній, як QIAGEN).

Поміщення РНК в суміш для ПЛР

Витягнуту РНК додають до суміші полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР). Це включає «основну суміш», яка містить фермент «зворотну транскриптазу», який перетворює РНК в ДНК. Основна суміш містить Taq-полімеразу, фермент, який створює копії ДНК, нуклеотиди, а також інші елементи, такі як магній, іон якого необхідний для ампліфікації ДНК.

Суміш для ПЛР також містить «реагенти», такі як «праймери» та «зонди». Праймери – це окремі ланцюги ДНК, які призначені для зв’язування з ДНК, яка має бути скопійована; зонди використовуються для виявлення специфічної послідовності в зразку ДНК. ВООЗ рекомендувала спеціальні праймери та зонди для тестування на COVID-19.

Нарешті, ПЛР-мікс складається з домашнього гена — нормального людського гена (РНКаза P), який використовується для того, щоб зразки були належним чином зібрані та витягнута РНК.

Ампліфікація вірусної ДНК

Зразок у його суміші для ПЛР поміщають у пробірки або планшети, які потім поміщають у термоциклер, який використовується для проведення процесу ПЛР.

Спочатку РНК перетворюється в ДНК. Потім починається процес копіювання генів. Термоциклер нагріває та охолоджує суміш із зразком, чергуючи три температури — для розплавлення ДНК для розділення двох ланцюгів, для зв’язування праймера з ДНК та для синтезу нового ланцюга — і все це протягом одного циклу, який триває 10. хвилина. Термоциклер виконує 30-40 таких циклів, щоб ампліфікувати ДНК, щоб перевірити наявність вірусу.

Тестування проти контролю

Ампліфіковану ДНК перевіряють проти позитивного контролю, який зазвичай складається з генів вірусу, клонованих у плазміду, і негативного контролю, який є «відомим» зразком, який раніше мав негативний результат на вірус.

РНКаза P повинна демонструвати ампліфікацію, позитивний контроль повинен бути позитивним, негативний контроль повинен бути негативним, і тоді будь-який результат, який ви отримаєте для зразка, є правильним результатом, сказав нейровірусолог доктор В. Раві. Для того, щоб тест був дійсним до оприлюднення результату, повинні відповідати певним «критеріям дійсності».

Не пропустіть Пояснення | Як працює тест на COVID-19

Якщо ген домашнього господарства (RNase P) позитивний, позитивний контроль позитивний, негативний контроль негативний і зразок не показує позитивних результатів ПЛР, зразок оголошується негативним на РНК вірусу SARS-CoV-2. Якщо результат ПЛР позитивний, у пацієнта є COVID-19.

Поділіться Зі Своїми Друзями: